Compartilhamento |
![]() ![]() |
Use este identificador para citar ou linkar para este item:
http://www.tede2.ufrpe.br:8080/tede2/handle/tede2/9386
Tipo do documento: | Dissertação |
Título: | Genômica comparativa de espécies de Pectobacterium causadoras de podridão mole |
Autor: | RIBEIRO, Bárbara Gomes ![]() |
Primeiro orientador: | GAMA, Marco Aurélio Siqueira da |
Primeiro coorientador: | ABURJAILE, Flávia Figueira |
Primeiro membro da banca: | ISEPPON, Ana Maria Benko |
Segundo membro da banca: | SOUZA, Elineide Barbosa de |
Resumo: | As podridões moles são consideradas importantes doenças no cultivo de hortaliçase as espécies do gênero Pectobacterium são um dos principais agentes causais desta doença. Desde 2017 espécies têm sido constantemente identificadas causando podridão mole em uma variedade de hortaliças no Nordeste do Brasil, como por exemplo, Pectobacterium brasiliense e P. aroidearum. Assim, objetivamos sequenciar, montar, e anotar os genomas de três isolados de Pectobacterium brasiliense, um de P. aroidearum e um de P. odoriferum e realizar análises de genômica comparativa a fim de identificar genes responsáveis por fatores de patogenicidade com potencial de determinar vantagem competitiva à infecção em diferentes plantas hospedeiras. As análises de taxonomia genômica confirmaram as identificações realizadas previamente por meio de abordagem polifásica para os três isolados de P. brasiliense (CCRMPB15, CCRMPB185 e CCRMPB596) e para o isolado de P. aroidearum (CCRMPA174), enquanto o isolado anteriormente identificado como P. odoriferum (CCRMPC339) foi identificado como P. carotovorum. As análises de genômica comparativa mostraram a conservação entre genes de pectinases, T2SS e quorum sensing, exceto pelo gene expI, responsável pela síntese de N-acil homoserina lactona, o qual apresentou relações filogenéticas com porcentagem de bootstrap de 75%. Conclui-se que os isolados apresentam semelhanças a nível de funcionamento de fatores de patogenicidade e talvez a adaptação aos seus respectivos hospedeiros esteja relacionada ao gene de síntese da N-acil homoserina lactona, estudos posteriores de modelagem de proteína poderão favorecer a compreensão de tais diferenças nesta proteína e possíveis relações com as suas plantas hospedeiras. A avaliação destes mecanismos de patogenicidade em espécies de Pectobacterium são importantes para desvendar as interações moleculares que guiam a relação patógeno-hospedeiro. |
Abstract: | Soft rot is considered a significant disease in vegetable crops, and species of the genus Pectobacterium are among the main causal agents of this disease. Since 2017, species have been constantly identified, causing soft rot in various vegetables in northeastern Brazil, such as Pectobacterium brasiliense and P. aroidearum. Thus, we aim to sequence, assemble, and annotate the genomes of three isolates of P. brasiliense, one of P. aroidearum and one of P. odoriferum and perform comparative genomics analyses to identify genes responsible for pathogenicity factors with the potential to determine competitive advantage infection in different host plants. The genomic taxonomy analyzes confirmed the previously performed identifications using a polyphasic approach for the three strains of P. brasiliense (CCRMPB15, CCRMPB185 and CCRMPB596) and the strain of P. aroidearum (CCRMPA174). In contrast, the strain previously identified as P. odoriferum (CCRMPC339) was identified as P. carotovorum. The comparative genomics analyzes showed conservation of pectinases, T2SS, and quorum sensing genes, except for the expI gene, responsible for synthesizing N-acyl homoserine lactone, which presented phylogenetic relationships with a bootstrap percentage of 75%. These strains have similarities in pathogenicity factors, and apparently, the adaptation to their respective hosts is related to the synthesis gene of N-acyl homoserine lactone. Further modeling protein studies may help to understand such differences and possible relationships with their host plants. Evaluating these pathogenicity mechanisms in Pectobacterium species is essential to unveil the molecular interactions that guide the pathogen-host relationship. |
Palavras-chave: | Hortaliças Podridão mole Erwinia Genômica Patogenicidade |
Área(s) do CNPq: | FITOSSANIDADE::FITOPATOLOGIA |
Idioma: | por |
País: | Brasil |
Instituição: | Universidade Federal Rural de Pernambuco |
Sigla da instituição: | UFRPE |
Departamento: | Departamento de Agronomia |
Programa: | Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia |
Citação: | RIBEIRO, Bárbara Gomes. Genômica comparativa de espécies de Pectobacterium causadoras de podridão mole. 2020. 62 f. Dissertação (Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia) - Universidade Federal Rural de Pernambuco, Recife. |
Tipo de acesso: | Acesso Aberto |
URI: | http://www.tede2.ufrpe.br:8080/tede2/handle/tede2/9386 |
Data de defesa: | 17-Set-2020 |
Aparece nas coleções: | Mestrado em Fitopatologia |
Arquivos associados a este item:
Arquivo | Descrição | Tamanho | Formato | |
---|---|---|---|---|
Barbara Gomes Ribeiro.pdf | Documento principal | 1,41 MB | Adobe PDF | Baixar/Abrir Pré-Visualizar |
Os itens no repositório estão protegidos por copyright, com todos os direitos reservados, salvo quando é indicado o contrário.